哥倫布艦隊(duì)在第三次向西探險(xiǎn)中，順利發(fā)現(xiàn)了東方大陸、凱旋而歸。但在即將抵達(dá)熱那亞時(shí)，卻遭到了北非海盜巴巴羅薩的連續(xù)襲擊。艱難擊敗海盜后，表現(xiàn)出色的主角被哥倫布任命為第三分艦隊(duì)司令，這是個(gè)小人物順利走上巔峰的美好故事嗎？當(dāng)然不是。

第二章：悲傷的英雄

好不容易從海盜處虎口拔牙運(yùn)回鐵礦石，主角前往巴塞羅那與哥倫布會(huì)合，向贊助人西班牙國(guó)王匯報(bào)航行。不料國(guó)王大發(fā)雷霆，稱葡萄牙東方艦隊(duì)帶回了印度的情報(bào)，而哥倫布發(fā)現(xiàn)土地的經(jīng)度、風(fēng)土和東方完全不同，不過就是世界盡頭的幾個(gè)小島，下令以欺君之罪逮捕哥倫布。主角急欲返回旗艦?zāi)贸鑫餍泻胶Ｈ罩?，以證明哥倫布的清白，不想旗艦已被海盜巴巴羅薩劫走。

第三章：諾莫羅斯的委托

接收了自己“可憐”的艦隊(duì)后，主角與大副芙洛兒不情愿的開始了收購(gòu)火炮的任務(wù)?？珊貌蝗菀踪崄淼牟少I經(jīng)費(fèi)居然被盜賊團(tuán)竊走。奪回經(jīng)費(fèi)后，發(fā)現(xiàn)火炮已被諾莫羅斯商會(huì)買空。從商會(huì)會(huì)長(zhǎng)克萊門特處得知，最近前往突尼斯收購(gòu)鐵礦石的商隊(duì)全體失期、不知所蹤，導(dǎo)致缺乏原材料的火炮工廠生產(chǎn)停滯?？巳R門特答應(yīng)，如果玩家代為前往采購(gòu)鐵礦石，可以免費(fèi)提供火炮。

第四章：騎士團(tuán)困境

在芙洛兒的鼓勵(lì)下，主角終于從未能洗刷哥倫布冤屈的內(nèi)疚中走出來，接受了支援圣約翰騎士團(tuán)新委托。騎士團(tuán)曾經(jīng)是東地中海抵御北非海盜的支柱，最近其補(bǔ)給艦隊(duì)卻頻頻遭劫。經(jīng)過一番調(diào)查，主角認(rèn)定疑犯正是膽大妄為的海盜“中尉”，的過程中，見證了巴巴羅薩弟弟海雷丁的崛起。

第五章：重返加勒比

在非洲主角誤打誤撞奪回了航海日志，并順利獲得許可證。在啟航前往加勒比之前，主角遇到了同行的探險(xiǎn)家亞美利哥，他居然聲稱哥倫布發(fā)現(xiàn)的東方是片新大陸，準(zhǔn)備前去探索尋找證據(jù)?？蛇B小孩子都知道，上帝只創(chuàng)造了亞歐非三塊大陸??！在大西洋中間的亞速爾群島，主角遇到了從加勒比逃離的拓殖者，他們說那里遇到了空前的災(zāi)難。究竟是什么災(zāi)難讓當(dāng)?shù)厝思娂娞与x，主角又能否發(fā)現(xiàn)東方、證明哥倫布的清白，故事就此展開。

第七章：冰封的商道

元?dú)獯髠尿T士團(tuán)急需物資支持，但求援的主角卻吃了紅衣主教西爾維奧的閉門羹。無奈之下，主角向諾莫羅斯商會(huì)求援。會(huì)長(zhǎng)克萊門特一口答應(yīng)，但提出了一個(gè)小小的要求。原來波羅的海的漢薩同盟召集各國(guó)商會(huì)，商討如何應(yīng)對(duì)最近愈演愈烈的海盜問題，而受邀的克萊門決定聘請(qǐng)主角為自己護(hù)航。